Para añadir código en Joomla lo más sencillo es hacer uso de las funciones disponibles en la clase JDocument.
Añadir fichero js
$doc = JFactory::getDocument(); $doc->addScript( $url, $tipo ) // EJEMPLO: $doc->addScript(JURI::base().'modules/mod_mi_modulo/js/javascript.js', 'text/javascript');
Añadir declaración javascript
$doc = JFactory::getDocument(); $doc->addScriptDeclaration(" // Tu código jQuery van aquí. por ejemplo: (function($){ $(document).ready(function(){ // Tus métodos jQuery aquí dentro }); })(jQuery); ");