1. Cómo añadir javascript en nuestras extensiones Joomla
  2. Cómo añadir CSS en nuestras extensiones Joomla

Para añadir código en Joomla lo más sencillo es hacer uso de las funciones disponibles en la clase JDocument.

Añadir fichero js

$doc = JFactory::getDocument();
$doc->addScript( $url, $tipo )
// EJEMPLO:
$doc->addScript(JURI::base().'modules/mod_mi_modulo/js/javascript.js', 'text/javascript');

Añadir declaración javascript

$doc = JFactory::getDocument();
$doc->addScriptDeclaration("
    // Tu código jQuery van aquí. por ejemplo:
    (function($){
        $(document).ready(function(){
            // Tus métodos jQuery aquí dentro
        });
    })(jQuery);
");